Peißen wird erstmals 1157 in einer Schenkungsurkunde an das Kloster auf dem Petersberg bei Halle erwähnt.
Der Ursprung des heutigen Ortes ist eine Ansiedlung mit Namen Buzene, zusammen mit dem romanischen Vorgängerbau der heutigen St. Wenzel Kirche (Bachsteinbau).
Nördlich wächst Oberpeißen, weil höher gelegen, mit frühen Namen „Buessen oder Beußen, der nach Unterpeißen eingepfarrt war.

Das skurrile für beide Ortsteile, Oberpeißen gehörte zu Anhalt und Unterpeißen zu Preußen, mitten durch den Ort verlief die Landesgrenze.
Ein Geschichtsdatum ist der 13. Januar 1813. Im Ort zerbrach ein Rad der Kutsche von Kaiser Bonarparte. Der Dorfschmied reparierte das Rad. Missmutig musste Napoleon zwei Stunden Quartier nehmen.
Die Gemeinde Peißen gehörte seit dem 1. Januar 2005 der Verwaltungsgemeinschaft Nienburg (Saale) an. Am 1. Januar 2010 wurde die bis dahin selbstständige Gemeinde in die Stadt Bernburg (Saale) eingemeindet.
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